教育目標「郷土を愛し、
夢に向かって学び続ける子ども」
| 年 | 内容 |
| 明治 6年 5月 | 古町小学校檜枝岐分校として開設 戸長星善作氏宅に校舎として開校 |
| 明治 7年 | 檜枝岐小学校と改称 |
| 明治26年 | 檜枝岐尋常小学校と改称 |
| 明治44年８月 | 校舎を新築開校 |
| 昭和12年４月 | 大津枝分校設置（昭和36年3月廃止） |
| 昭和22年４月 | 檜枝岐村立檜枝岐小学校と改称し、小中学校を併設 |
| 昭和25年９月 | 校舎新築、小中合同校舎に収容 |
| 昭和28年４月 | 大杉分校設置（昭和47年9月廃止） |
| 昭和32年４月 | 赤岩分校開校（昭和43年12月廃止） |
| 昭和46年11月 | 小・中学校合同校舎、体育館新築落成 |
| 昭和56年10月 | 文部省指定、へき地教育研究発表会開催 |
| 昭和59年 2月 | 特別教室、雪崩被害（28日） |
| 昭和59年12月 | 校舎新築、新校舎に移転 |
| 平成 4年４月 | 文部省より道徳教育推進校の指定を受ける |
| 平成 5年10月 | 文部省指定、道徳教育研究発表会開催 |
| 平成 8年４月 | 文部省指定環境推進モデル市町村 |
| 平成15年４月 | 県教委指定 基礎学力向上支援事業研究校 |
| 平成17年４月 | 県教委指定 ふくしまの自然環境こども博士事業（〜平成1９年度） |
| 平成19年２月 | 福島県下小中学校音楽祭第3部創作・学校賞受賞 |
| 平成20年 4月 | 「みどりの日」自然環境功労者環境大臣表彰(環境保全の部） |
| 平成22年２月 | 福島県下小中学校音楽祭第３部創作・学校賞 |
| 平成22年10月 | 福島県学校関係緑化コンクール県知事賞受賞 |
| 平成24年４月 | 小中一貫教育校実施 |
| 平成24年11月 | 檜枝岐小中学校ＰＴＡ 優良ＰＴＡ文部科学大臣表彰受賞 |
| 平成25年11月 | 檜枝岐小中学校ICT教育研究公開 |
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福島県南会津郡檜枝岐村字下ノ原
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